Uno de los grandes retos que ha tenido la ciencia durante la pandemia de COVID-19, ha sido el de encontrar un método diagnóstico rápido y confiable. El laboratorio de biología molecular de la FCV cuenta con herramientas de última tecnología que facilitan el procesamiento de las muestras y la entrega de resultados en tiempo récord.
El desarrollo y perfeccionamiento de las diferentes pruebas de laboratorio disponibles hoy para el diagnóstico y seguimiento de pacientes, se ha logrado gracias al conocimiento del SARS-CoV-2, siendo la secuenciación del genoma la mejor forma de conocer este virus. En enero de 2020 se obtuvo la primera secuencia del virus, información que fue crucial para identificar al virus como un coronavirus, muy similar al coronavirus responsable del Síndrome Agudo Respiratorio Grave (SARS en sus siglas en inglés), enfermedad respiratoria originada en Asia en 2003, que se propagó por diversos países. Conocida la secuencia del virus y sumado a pruebas bioquímicas e imágenes de microscopía electrónica, se logró determinar que este nuevo virus posee cuatro proteínas claves (E, M, N y S), siendo la proteína S codificada por la parte más variable del genoma del coronavirus, la cual se encuentra precisamente en el dominio de unión al receptor de la proteína S, una proteína necesaria para la invasión del virus a las células de huésped (Figura 1). En humanos, este dominio proteico tiene una afinidad especial por los receptores ACE2 de las células del hospedero. Cuando los coronavirus infectan la célula, liberan en su interior el RNA viral que pude ser detectado y leído por la maquinaria celular para producir una larga cadena polipeptídica que posteriormente es fragmentada en péptidos funcionales. Otra característica encontrada en el genoma del SARS-CoV-2 es que esa cadena polipeptídica presenta un fragmento que facilita la separación de los péptidos correspondientes a la proteína S.
Una de las características de los virus RNA como el SARS-CoV-2, es que mutan rápidamente, y estas mutaciones se van acumulando en su genoma. En la figura 2 se observa un mapa dinámico, tomado de la plataforma de Nextstrain, sobre la evolución de SARS-CoV-2 a partir de las distintas secuencias que han compartido los investigadores del mundo. Hoy, se han reportado en el mundo más de 4000 genomas diferentes, por ejemplo, para Latinoamérica, como se observa en el mapa de la figura 2, la secuencia más frecuente está representada con amarillo, siendo diferente, a la encontrada en otras regiones como Norte América. Afortunadamente, gran parte de los kits utilizados para el diagnóstico de COVID-19 por medio de RT-PCR (reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa, por su sigla en inglés de Reverse transcription polymerase chain reaction), especialmente los desarrollados después de marzo de 2020 son capaces de detectar cualquier cepa, es decir, incluso aquellas que hayan mutado. Por lo anterior, la OMS, recomienda que la RT-PCR usada con fines diagnósticos detecte como mínimo dos regiones específicas del virus, con lo cual se garantiza que si una mutación se encuentra en un sitio de reconocimiento, se tenga otra región para poder detectar el virus y dar un resultado positivo sin tener un error de diagnóstico (falso negativo) (3).
Interpretación de las pruebas en el ámbito poblacional
La combinación de las pruebas moleculares y serológicas realizadas en el momento adecuado, nos permiten clasificar la población en tres grupos (Figura 3):
Cada grupo poblacional tendrá que adaptarse y seguir cuidados específicos según su condición:
Finalmente es importante recalcar que una prueba de anticuerpos positivos aislada, sin prueba de RT-PCR, implica que el sujeto está inmunizado frente al virus, pero no indica si esta persona en ese momento es trasmisora de éste y pueda potencialmente contagiar a las personas de su entorno, para lo cual se requiere una prueba de RT-PCR.
Resultados de RT-PCR Laboratorio de Biología Molecular COVID-19 FCV
El 6 de marzo de 2020, en la ciudad de Bogotá se diagnosticó y se reportó el primer caso de COVID-19 en Colombia, en una mujer de 19 en años procedente de Italia con síntomas respiratorios. Rápidamente el virus se propaga por todo el territorio colombiano haciendo que se requieran laboratorios que colaboren con el Instituto Nacional de Salud (INS), en el diagnóstico oportuno de la infección.
La Fundación Cardiovascular de Colombia firma en el mes de mayo de 2020 un convenio de cooperación con el INS y pone en marcha el Laboratorio de Biología Molecular COVID-19 reportando los primeros resultados el 22 de mayo de 2020. Trascurridos 6 meses de trabajo, al 30 de noviembre de 2020, el laboratorio ha procesado más de 35.000 muestras (figura 4).
El laboratorio ha venido incrementando mes a mes la capacidad para el procesamiento de muestras, en especial a partir del mes de agosto cuando automatizó el proceso de extracción de RNA y amplió su capacidad en máquinas de PCR. En la medida que incrementamos el número de muestras procesadas también se iba aumentando el número de resultados positivos, tendencia que cambió a partir del mes de septiembre, donde la cantidad de muestras procesadas continuó en aumento, pero los casos positivos fueron disminuyendo (Gráfico 1).
Nuestro laboratorio procesas muestras de pacientes hospitalizados, pacientes que acuden a la consulta de urgencias por síntomas compatibles con COVID-19, pacientes particulares, pero también pacientes remitidos de diferentes EPS (Entidad Promotora de Salud) que hacen tamizaje dentro de sus afiliados. El porcentaje más alto de alto de muestras positivas lo obtuvimos en el mes de agosto, como se ilustra en el gráfico 2.
A partir de la implementación de la extracción automatizada de RNA mejoramos nuestra oportunidad de entrega de resultados. Actualmente para pacientes urgentes, nuestra oportunidad de entrega es de 12 horas; para tamizajes de las diferentes EPS, 24 horas; y para código cero en trasplantes, los resultados son entregados entre 4 y 6 horas.
